В юности св. Бенедикт отправился учиться в Рим, но около 500 г. он удалился в горы близ Субьяко и жил там как отшельник. Его жизнь и дела впоследствии оказали значительное влияние на судьбу всего западного монашества. Благочестие Бенедикта притягивало к нему учеников и людей со сходным мировоззрением. В 529 г. он перебрался в Монтекассино, где основал собственный монашеский орден. Он написал для него устав, который распространился по всему миру. В 73 главах устава св. Бенедикта были определены не только принципы организации монастыря, но и основные правила и предписания, касающиеся выбора правильного пути в жизни и полезные не только для монахов, но и для мирян. Ослабление аскетических правил, оставленных в наследство египетскими монахами, было исключительным для своего времени явлением. Возможно, именно это и стало причиной быстрого роста популярности учения св. Бенедикта.
Монастырь, расположенный на вершине 516-м каменистого холма, на котором прежде находилась римская крепость, вскоре стал главным духовным центром западного христианства. В 577 г. его разграбили лангобарды, в 717 г. начались восстановительные работы. В 883 г. монастырь снова пострадал, на этот раз от сарацин, но к концу XI в. его духовное и политическое значение опять возросло. В 1349 г. сильное землетрясение разрушило Монтекассино в третий раз. На следующем этапе восстановления архитектура комплекса претерпела ряд изменений из-за использования ренессансных и барочных элементов. Они характеризовали внешний облик монастыря вплоть до 1944 г. В период Второй мировой войны Монтекассино стал убежищем для мирных жителей, а также, возможно, для немецких солдат. 15 февраля 1944 г. авиация союзников разбомбила монастырь, разрушив его до уровня подземных крипт. Через несколько месяцев войска вермахта заняли холм, и последовавшее за этим ожесточенное сражение при Монтекассино унесло немало жизней. В 1945 г. начались работы по восстановлению монастыря в соответствии со старыми планами.
Сейчас на территорию обители можно попасть через Входной клуатр, который находится на месте античного храма Аполлона. В свое время св. Бенедикт освятил его в честь св. Мартина Турского; здесь братия монастыря собиралась для общей молитвы. Также считается, что именно в этом месте святого застала смерть. Галерея ведет в соседний клуатр, приписываемый архитектору Донато Браманте и названный в его честь. Находящийся здесь восьмиугольный фонтан с коринфскими колоннами необычайно красив. За этими двумя двориками находится клуатр Покровителей — типичный образец архитектуры эпохи Возрождения с ее спокойствием и внешней простотой. Здесь можно увидеть статуи пап римских и правителей, которые покровительствовали монастырю тем или иным способом — отсюда, собственно, и происходит название клуатра.
Монастырская церковь была в основном восстановлена из оригинальных строительных материалов.
